免税事業者への支払い、10月から何が変わる？

そもそも「経過措置」とは何だったのか

消費税は、売上のときに預かった消費税から、仕入れや経費の支払いのときに負担した消費税を差し引いて納める仕組みです。この差し引く部分を「仕入税額控除」といいます。

インボイス制度のもとでは、この仕入税額控除を受けるために、原則として取引先が発行したインボイス(適格請求書)を保存しておく必要があります。インボイスを発行できるのは、税務署で登録を受けた事業者に限られます。つまり、登録をしていない免税事業者に支払った分は、本来であれば控除の対象になりません。

ただ、制度開始と同時にこのルールを一律に当てはめると、免税事業者と取引している事業者の税負担が一気に増え、取引そのものの見直しが急速に進むおそれがありました。そこで一定の期間に限り、免税事業者からの仕入れであっても、消費税相当額の一定割合を控除できることとされました。これが、今回見直された経過措置です。

数字で見ると、こうなります

たとえば、免税事業者である個人のデザイナーに、税込11万円の制作料を支払ったとします。この中に含まれる消費税相当額は1万円です。

デザイナーがインボイス登録をしていれば、1万円の全額を控除できます。一方、登録をしていない場合、経過措置のもとで控除できるのはその一定割合で、これまでであれば80%にあたる8,000円でした。残りの2,000円は控除できず、自社の負担として残ります。

1件あたりでは小さな金額ですが、外注費や業務委託費の割合が大きい会社では、年間で見ると無視できない額になることがあります。特に、デザイン、システム開発、ライティング、動画制作など、個人の専門家に業務を依頼することの多い業種では、影響を受けやすい傾向があります。

控除割合は70%へ。ただし経過措置は2031年まで延長

改正前のスケジュールでは、2026年10月から控除割合が50%に下がり、2029年10月には経過措置そのものが終了する予定でした。これが令和8年度の税制改正によって見直され、引下げの幅を小さくしながら、期間を2年延ばす形に変更されています。

2023年10月〜2026年9月	80%を控除できる
2026年10月〜2028年9月	70%を控除できる
2028年10月〜2030年9月	50%を控除できる
2030年10月〜2031年9月	30%を控除できる
2031年10月〜	控除できない(経過措置の終了)

3段階で予定されていた引下げが5段階に細かく分けられ、一度に大きく負担が増えることは避けられた形です。改正の趣旨としては、インボイス制度の影響を受ける小規模な事業者への配慮として、さらなる激変緩和を図ることが挙げられています。

年間でどれくらい変わるか

免税事業者への支払いが、年間で税込550万円ある会社を例に考えてみます。この中に含まれる消費税相当額は50万円です。控除割合ごとに、控除できる額と、控除できずに自社の負担となる額を並べると次のようになります。

80%の期間	控除できる額 40万円/自社の負担 10万円
70%の期間	控除できる額 35万円/自社の負担 15万円
50%の期間	控除できる額 25万円/自社の負担 25万円
30%の期間	控除できる額 15万円/自社の負担 35万円
経過措置の終了後	控除できる額 0円/自社の負担 50万円

今回の引下げによる負担の増加は、この例で年間5万円ほどです。すぐに経営を揺るがす金額ではないかもしれません。ただ、最終的には50万円の全額が自社の負担として残る方向に進んでいくことは、改正後も変わりません。延長によって生まれた時間は、取引条件や社内の体制を見直すための猶予期間と捉えるのが現実的です。

「いつの取引か」の判定に注意

どの割合が適用されるかは、支払日や請求書の日付ではなく、原則として課税仕入れを行った日で判断することとされています。モノの購入であれば引渡しを受けた日、サービスであれば役務の提供を受けた日が基本となります。

たとえば、9月中に制作物の納品を受け、10月に入ってから請求書が届いたというケースでは、80%が適用される可能性があります。反対に、月額の業務委託で10月分の業務に対する支払いであれば、70%で計算することになります。契約の内容によって判断が分かれる場合もありますので、9月と10月をまたぐ取引は、個別に確認しておくと安心です。

見落としがちな「同じ相手から年1億円」という上限

今回の改正では、控除割合の見直しとあわせて、もうひとつ変更が加えられています。同じ免税事業者からの課税仕入れの合計額が、事業年度などの期間で1億円を超える場合には、その超える部分について経過措置を適用しないという、上限額の引下げです。改正前は、この上限が10億円とされていました。

この上限の変更は、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されることとされています。3月決算の法人であれば、2027年4月から始まる事業年度からが対象になる、ということです。控除割合の変更が取引日を基準に10月から一斉に切り替わるのに対して、こちらは自社の事業年度を基準に適用が始まる点が異なります。

1億円という金額は、法人成りして間もない会社の日常的な外注費で超えることは、あまり想定されないかもしれません。ただ、次のような場面では上限に近づく可能性があります。

• 特定の個人や、免税事業者である法人に、業務の大部分をまとめて委託している
• 免税事業者から、建物や事業用の設備など高額な資産を購入する予定がある
• 関係のある別会社(免税事業者)との間で、継続的に大きな取引がある

この上限の引下げは、経過措置が租税回避などに利用されている実態を踏まえて、その防止を図る目的で行われたものとされています。特に3つ目のように、関係会社を免税事業者のままにしておき、そこを経由して取引を組むような形は、今回の見直しの背景と重なる部分です。

税制改正大綱では、この上限額について、取引の実態などを踏まえて今後さらに引き下げることを検討するとされています。現時点で1億円に届かない場合でも、グループ内の取引の組み方については、長い目で見直しておく価値があるといえるでしょう。

経理処理で確認しておきたいこと

控除割合の変更は、日々の経理処理にも直接関わります。制度の内容を理解していても、会計ソフトの設定や入力の運用が追いついていなければ、申告の段階で誤りとして表面化してしまいます。特に確認しておきたいのは、次の3つの点です。

会計ソフトの税区分

クラウド会計ソフトでは、免税事業者からの仕入れについて経過措置用の税区分を設け、控除額を自動で計算しているものが一般的です。主要なソフトでは10月1日以降の取引に70%の区分が適用されるよう対応が進められていますが、取引の日付によって自動的に切り替わるのか、利用者の側で区分を選び直す必要があるのかは、ソフトや設定によって異なります。

取引先ごとに「インボイス登録なし」の設定をしている場合、その設定が新しい割合に正しくつながっているかを、10月分の最初の数件で確かめておくとよいでしょう。自動登録のルールを使っている場合や、過去の仕訳をコピーして入力する運用をしている場合は、古い区分のまま入力され続けていないかにも注意が必要です。

帳簿と請求書の保存

経過措置の適用を受けるためには、帳簿に経過措置の適用を受ける取引である旨を記載したうえで、取引先から受け取った請求書や領収書などを保存しておくことが求められます。インボイスでなくても、取引の内容や金額、相手先などが確認できる書類を残しておく必要がある点は、これまでと変わりません。

免税事業者の中には、請求書の形式が整っていなかったり、口頭やチャットだけでやり取りが完結していたりする方もいます。後から確認できる形で記録が残っているかどうかも、この機会に点検しておきたいところです。

10月をまたぐ事業年度の申告

控除割合が事業年度の途中で切り替わるため、2026年10月をまたぐ事業年度の消費税申告では、80%の取引と70%の取引が混在することになります。集計が正しく分かれているかどうかは、決算・申告の段階で必ず確認すべき項目のひとつです。月次の段階で区分を整えておけば、決算期に慌てて仕訳を見直す必要もなくなります。

免税事業者の取引先とは、どう向き合うか

負担が増えるとなると、取引先に対して「インボイス登録をしてほしい」「その分、価格を見直してほしい」と伝えるべきかどうか、という話が出てきます。ここは税金の計算だけでなく、取引上のルールや長年の関係性にも関わるため、慎重に進めたい部分です。

一方的な値下げや取引停止には注意

取引先が免税事業者であることを理由に、十分な協議をせずに一方的に価格を引き下げたり、登録をしなければ取引を打ち切ると告げたりすることは、取引の状況によっては、独占禁止法や下請取引に関する法令のうえで問題となるおそれがあるとされています。公正取引委員会なども、インボイス制度に関連する取引上の留意点を公表しています。

もっとも、価格や取引条件を見直すこと自体が禁じられているわけではありません。重要なのは、双方の事情を踏まえて話し合い、合意のうえで決めることです。協議の経過を記録に残しておくことも、後のトラブルを防ぐうえで役に立ちます。

まず「実際の影響額」を把握する

取引先との協議に入る前に、その取引先への支払いで実際にどれくらいの負担が生じているのかを把握しておくことをおすすめします。年間の支払額に対して、控除できない消費税相当額はいくらなのか。今回の引下げで増えるのはいくらなのか。そして、2028年10月以降、さらに割合が下がったときにはどうなるのか。

数字を並べてみると、協議を持ちかけるべき相手なのか、関係性を優先してこれまでどおりの条件を続ける相手なのかの判断がしやすくなります。腕のよい外注先を失うことのほうが、年間数万円の税負担よりも大きな損失になる場面は少なくありません。税金の話だけで結論を出さず、事業全体の中で位置づけて考えることが大切です。

自社が簡易課税や2割特例なら、影響はない

意外と見落とされがちなのが、自社が簡易課税制度や2割特例で消費税を計算している場合です。これらの方式では、仕入れや経費の実額ではなく、売上をもとに納める税額を計算します。そのため、支払先がインボイスを発行しているかどうかは、自社の納税額に影響しません。

この場合、今回の控除割合の変更も、基本的には自社の税額とは関係がないことになります。取引先に何かを求める前に、まず自社がどの方式で申告しているのかを確認しておきましょう。ただし、2割特例は次のPOINTで触れるとおり終了が迫っていますので、その後にどの方式を選ぶかによっては、影響が出てくることになります。

インボイス登録をした側は、2割特例の終了に備える

ここからは、もともと免税事業者で、インボイス制度をきっかけに登録を受けて課税事業者になった方の話です。法人成りしたばかりの会社でも、取引先の求めに応じて設立当初から登録をしたというケースは多いのではないでしょうか。

こうした方には、納める消費税を、売上にかかる消費税の2割とすることができる「2割特例」が認められてきました。この特例は、2026年9月30日を含む課税期間までで終了します。

個人事業主	2026年分(2026年1月〜12月)の申告まで
3月決算の法人	2027年3月期の申告まで
9月決算の法人	2026年9月期の申告まで(次の期からは適用なし)

このように、決算月によって最後の適用期間が異なります。法人の場合は、自社の事業年度に当てはめて、いつが最後の期になるのかを確認しておきましょう。

法人には「3割特例」がない

令和8年度の改正では、2割特例の後継として「3割特例」が設けられました。ただし、これは個人事業者に限った制度で、2027年分と2028年分の申告において、納める税額を売上にかかる消費税の3割とすることができるものです。法人には適用がありません。

つまり法人は、2割特例が終わった翌期から、原則課税(本則課税)か簡易課税のどちらかで申告することになります。個人事業主の方も、3割特例の期間が終われば同じ選択が必要になります。

原則課税か、簡易課税か

原則課税は、実際に支払った消費税を積み上げて控除する方法です。経費や仕入れが多い事業では有利になりやすく、大きな設備投資をした年には、消費税の還付を受けられる可能性もあります。その反面、取引ごとにインボイスの有無を確認し、区分して集計する事務負担がかかります。

簡易課税は、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って、売上から納める税額を計算する方法です。計算がシンプルで、仕入れの少ないサービス業などでは有利になることがあります。一方で、基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることが条件となるほか、一度選ぶと原則として2年間は継続しなければならず、その間に設備投資をしても還付は受けられません。

どちらが有利かは、業種や経費の構造、今後の投資計画によって変わります。「2割特例が終わったら、とりあえず原則課税」ではなく、実際の数字で試算したうえで選ぶことが大切です。消費税の納税義務や基準期間の考え方については、設立初年度の消費税・インボイス対応の記事でも整理しています。

簡易課税を選ぶ場合の届出期限

簡易課税を選ぶには、原則として、適用を受けたい課税期間が始まる前日までに届出書を提出する必要があります。ただ、2割特例や3割特例の適用を受けた翌課税期間から簡易課税に移る場合には、その課税期間の申告期限までに届け出ればよいとする措置が設けられています。

たとえば、3月決算の法人が2027年3月期で2割特例を終え、2028年3月期から簡易課税を選ぶ場合、届出書は2028年3月期の申告期限である2028年5月31日までに提出すればよいとされています。期限には余裕ができましたが、どちらを選ぶかの判断そのものは、期中の数字を見ながら早めに進めておくほうが安心です。

いま確認しておきたいチェックリスト

最後に、ここまでの内容を、支払う側と登録した側、それぞれの確認項目として整理します。両方に当てはまる会社も少なくありませんので、該当する項目を一通り確かめてみてください。

免税事業者に支払いをしている会社

• 免税事業者の取引先と、それぞれへの年間の支払額を把握している
• 会計ソフトの税区分が、10月以降の取引で70%になっている
• 9月と10月をまたぐ取引の判定を確認した
• 同じ取引先からの仕入れが、年1億円に近づいていない
• 自社が原則課税・簡易課税・2割特例のどれで申告しているか把握している

インボイス登録をきっかけに課税事業者になった会社・個人

• 2割特例を使える最後の課税期間がいつかを確認した
• 次の期の申告方式(原則課税・簡易課税)を、試算で比較した
• 簡易課税を選ぶ場合の届出期限を確認した
• 今後数年の設備投資の予定を踏まえて判断している
• 納税額の増加分を、資金繰りの見通しに織り込んでいる

今回の改正で、急激な変化はたしかに和らげられました。その一方で、制度が「経過措置のない状態」へ向かっていることに変わりはありません。延長された期間を先送りのための時間にするのではなく、自社の取引や申告方式を落ち着いて見直すための時間として使っていただければと思います。